使用GATK4获取SNP 1. 实验目的 GATK (Genome Analysis Toolkit),它是用于分析高通量测序数据的命令行工具集合,主要侧重于变体发现。本实验将使用使用GATK4获取SNP。 实验步骤为:准备参考基因组其他文件构成BWA索引,将样本ZW177与参考基因进行比对,对重复reads进行排序和标记生成.sorted.dedup.bam文件 ,IGV可视化BAM文件,在单个样本上运行GATK Ha 2023-10-10 Genomics #HW #Linux #Genomics #GATK4 #SNP