1. 实验目的 在本实验中，我们将使用MAKER进行基因组注释，它的工作原理是将尽可能多的证据沿着基因组序列排列，然后协调所有这些信号，以确定可能的基因结构。证据可以是来自同一(或密切相关)生物体的转录物或蛋白质序列。这些序列可以来自公共数据库或来自自己的实验数据(例如RNASeq实验的转录组组装)。Maker还能够考虑到重复的元素。 Maker使用ab-initio预测器(如Augustus或S

1. 实验目的 GATK (Genome Analysis Toolkit)，它是用于分析高通量测序数据的命令行工具集合，主要侧重于变体发现。本实验将使用使用GATK4获取SNP。 实验步骤为：准备参考基因组其他文件构成BWA索引，将样本ZW177与参考基因进行比对，对重复reads进行排序和标记生成.sorted.dedup.bam文件 ，IGV可视化BAM文件，在单个样本上运行GATK Ha